Le développement de diagnostics compagnons aide les cliniciens à associer plus rapidement les patients à la bonne thérapie, ce qui peut considérablement améliorer les chances de succès des patients et réduire les risques d’effets négatifs du traitement.

Dans le cadre de ses efforts dans ce domaine, Thermo Fisher Scientific a élargi son partenariat avec Agios Pharmaceuticals pour co-développer un diagnostic compagnon pour le vorasidenib, un traitement expérimental pour le gliome de bas grade mutant IDH. La désignation de dispositif révolutionnaire a récemment été accordée par la FDA au test de précision Oncomine pour identifier les mutations IDH1 et IDH2 chez les patients atteints de gliome de bas grade. Le test fonctionne sur le système Ion Torrent Genexus, qui peut fournir des résultats complets de profilage génomique en une journée.

Pour en savoir plus sur ces développements, les avantages de l’accélération des délais d’exécution des tests génomiques et l’importance de s’associer avec des sociétés pharmaceutiques pour développer des diagnostics compagnons, Réseaux technologiques s’est entretenu avec Luca Quagliata, PhD, BCMAS, directeur mondial des affaires médicales pour Thermo Fisher Scientific.

Anna MacDonald (AM): Pouvez-vous nous en dire plus sur la désignation d’appareil révolutionnaire de la FDA et sa signification?

Luca Quagliata (LQ): L’objectif du programme de dispositifs révolutionnaires de la FDA est de fournir aux patients et aux fournisseurs de soins de santé un accès rapide aux dispositifs médicaux qui aident à combler une lacune pour les besoins médicaux non satisfaits en fournissant un traitement efficace ou un diagnostic de maladies potentiellement mortelles ou irréversiblement débilitantes. Conformément aux critères rigoureux du programme, la FDA a récemment accordé la désignation de dispositif révolutionnaire au test de précision Oncomine de Thermo Fisher Scientific pour identifier les patients atteints de gliome de bas grade (LGG) porteurs de mutations isocitrate déshydrogénase 1 et 2 (IDH1 et IDH2) qui pourraient être éligibles au vorasidenib (AG-881). Le test est conçu pour fonctionner sur le système Ion Torrent Genexus de Thermo Fisher, qui est la première plate-forme de séquençage de nouvelle génération entièrement automatisée (NGS) avec un flux de travail échantillon-rapport qui fournit des résultats complets de profilage génomique en une seule journée. Au fil du temps, Thermo Fisher cherche à obtenir l’approbation préalable à la mise sur le marché pour le test de précision Oncomine en tant que diagnostic compagnon pour de multiples thérapies, ainsi que l’approbation pour le profilage de tumeurs par biopsie liquide dans le cancer du poumon et le profilage de tumeurs de tissus solides dans plusieurs types de cancer. Comme la désignation de dispositif révolutionnaire de la FDA est généralement réservée aux outils qui changent la donne, la désignation représente un grand pas en avant dans l’effort de Thermo Fisher pour s’assurer que davantage de cliniciens peuvent avoir un accès plus rapide à des informations génomiques complètes et associer plus efficacement les patients à la bonne thérapie.

AM: Qu’est-ce qu’un diagnostic compagnon et quels sont certains de ses principaux avantages?

LQ: Un diagnostic compagnon (CDx) est un dispositif médical qui permet aux cliniciens d’identifier les patients qui sont plus susceptibles de bénéficier d’une thérapie donnée. Les résultats générés via un test de diagnostic compagnon permettent aux médecins de prescrire des médicaments spécifiques (en usage sur l’étiquette), garantissant la meilleure correspondance thérapeutique possible pour le patient. Plus précisément, l’objectif principal de l’approche basée sur le diagnostic compagnon est de faire correspondre le bon patient avec la bonne thérapie, minimisant ainsi la possibilité de traitements non efficaces, et pesant les risques potentiels et les effets secondaires par rapport aux avantages cliniques tangibles. Un exemple de CDx est l’Oncomine Dx Target Test, le premier séquençage de nouvelle génération (NGS) in vitro diagnostic approuvé par la FDA comme CDx pour le cancer du poumon non à petites cellules (NSCLC). Il est capable de tester en même temps 46 biomarqueurs liés au cancer et avec les plus faibles besoins en échantillons d’entrée du marché, ce qui permet aux laboratoires certifiés de générer un profil génomique complet de la tumeur d’un patient en quelques jours. Le test Oncomine Dx Target fournit à l’équipe de soins cliniques les informations nécessaires pour faire correspondre le patient au bon traitement, dans le but d’améliorer les résultats pour les patients.

Depuis l’obtention de l’approbation préalable à la mise sur le marché pour le test Oncomine Dx Target en 2017, Thermo Fisher a accéléré ses travaux pour étendre l’utilisation de tests de biomarqueurs complets à l’échelle mondiale. Plus récemment, Thermo Fisher a annoncé ses partenariats avec Daiichi Sankyo et Chugai Pharmaceutical pour co-développer un diagnostic compagnon à l’aide du test Oncomine Dx Target afin d’identifier les patients NSCLC qui pourraient être éligibles pour leurs thérapies ciblées.

AM: Thermo Fisher Scientific a étendu son partenariat avec Agios Pharmaceuticals pour co-développer un diagnostic compagnon pour le vorasidenib. Pourquoi de tels partenariats avec des sociétés pharmaceutiques sont-ils si importants lors du développement d’un diagnostic compagnon?

LQ: Le développement d’un nouveau médicament est un processus extrêmement complexe qui nécessite un investissement et une énergie considérables. Cependant, générer un médicament efficace n’est qu’une partie du chemin pour atteindre le patient. Le développement d’un diagnostic compagnon est un élément essentiel pour améliorer les résultats des patients. À cette fin, Thermo Fisher travaille en étroite collaboration avec des partenaires pharmaceutiques mondiaux pour développer des diagnostics compagnons pour de nombreuses thérapies ciblées disponibles pour les patients aujourd’hui et à l’avenir. En fait, la grande majorité des dernières thérapies ciblées approuvées par la FDA ont reçu l’autorisation avec un test de diagnostic compagnon défini. Nous prévoyons les activités CDx comme un autre moteur fondamental de notre future expansion commerciale sur le marché du profilage moléculaire, d’autant plus que nous poursuivons notre engagement à travailler avec des partenaires pharmaceutiques pour identifier davantage de patients susceptibles de bénéficier des dernières thérapies ciblées.

AM: Le système Ion Torrent Genexus peut fournir des résultats complets de profilage génomique en une seule journée. Comment cela se compare-t-il aux délais d’exécution actuels? Quels sont les avantages d’accélérer les délais d’exécution des tests génomiques?

LQ: À l’heure actuelle, les oncologues peuvent prendre jusqu’à quatre semaines pour recevoir les résultats des tests NGS externalisés, tandis que les résultats des tests générés en interne sont généralement disponibles pour la plupart des centres accrédités NGS dans un délai de 10 jours ouvrables. Le système Ion Torrent Genexus dispose d’un flux de travail échantillon-rapport entièrement automatisé qui raccourcit le délai d’exécution à un seul jour, ce qui signifie que les cliniciens et les patients peuvent avoir accès à des résultats de test complets et en temps opportun, guidant la thérapie ciblée lorsque le système est finalement approuvé. Cet accès à un profilage moléculaire rapide et précis est essentiel, en particulier de nos jours où l’importance cruciale du PD-L1 IHC en tant que biomarqueur pour la sélection du traitement par inhibiteur de point de contrôle immunitaire de première intention pour de multiples indications est remise en question par l’absence de réponse dans un nombre substantiel. des patients traités.

Un autre avantage du délai d’exécution accéléré pour les tests génomiques est la capacité de faire correspondre rapidement les patients aux essais cliniques en oncologie, ce qui est un processus par ailleurs complexe. Par exemple, Thermo Fisher s’est récemment associé aux solutions Q2 pour utiliser le système Ion Torrent Genexus afin de réduire le temps de remise des rapports cliniques aux sites d’essai, permettant ainsi aux patients d’accéder plus rapidement aux médicaments expérimentaux. Enfin, il y a un avantage émotionnel à prendre en compte dans le délai d’exécution accéléré, car les patients et leurs familles vivent naturellement une immense quantité de stress et d’anxiété lorsqu’ils doivent attendre les résultats des tests. La capacité de recevoir les résultats des tests plus rapidement et de prendre des décisions de traitement rapides est un avantage important pour les patients et les cliniciens.

AM: Pourquoi est-il avantageux d’utiliser des tests NGS complets plutôt que des tests monogéniques?

LQ: Jusqu’à récemment, de nombreux laboratoires cliniques considéraient que le profilage moléculaire complet via NGS était trop coûteux ou complexe pour être géré en interne. En conséquence, ces laboratoires se sont appuyés sur des tests monogéniques, qui offrent généralement des informations limitées. Lorsque les tests monogéniques sont appliqués séquentiellement, cela peut retarder le temps nécessaire pour recevoir un profil génomique complet de la tumeur d’un patient. En conséquence directe, les patients doivent attendre plus longtemps avant d’être placés sous un régime de traitement approprié. En revanche, les tests de panel NGS ciblés permettent aux cliniciens d’obtenir une image complète du profil génomique d’un patient avec un seul test afin que l’équipe de soins cliniques puisse faire une sélection thérapeutique plus éclairée dès le début.

Avec la disponibilité de solutions NGS rentables et simples à utiliser, telles que le système Ion Torrent Genexus, de nombreux hôpitaux et agences de santé gouvernementales envisagent désormais les avantages des tests NGS internes. Ce changement, qui vise à réduire le temps critique entre les tests et le traitement, est un pas en avant majeur pour réaliser la promesse de la médecine de précision et, en fin de compte, fournir de meilleurs résultats pour les patients à l’avenir.

AM: Le système Ion Torrent Genexus peut être utilisé dans plusieurs applications en dehors de l’oncologie. Pouvez-vous nous dire un peu comment il a été utilisé pour soutenir les études sur le SRAS-CoV-2?

LQ: Alors que les pays commencent à rouvrir, il existe un besoin critique de données de séquençage du SRAS-CoV-2 en temps réel qui peuvent être rapidement et facilement générées et utilisées pour informer les stratégies d’intervention potentielles qui peuvent aider à limiter l’impact de la crise du COVID-19. Pour répondre à ce besoin, Thermo Fisher a récemment lancé le groupe de recherche Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 pour le système Ion Torrent Genexus, qui fournit aux laboratoires un puissant flux de travail échantillon-rapport pour mener des études sur les maladies infectieuses en utilisant des quantités minimales d’échantillons. . Le délai d’exécution rapide d’une seule journée et l’automatisation fournie par le système Genexus peut accélérer la compréhension par les chercheurs de l’évolution du virus, contribuer aux efforts de recherche des contacts et d’interruption de la transmission, et informer les programmes de développement de vaccins, qui sont tous essentiels stratégies de confinement qui sont essentielles pour prévenir ou réduire le risque de résurgence du SRAS-CoV-2.

A titre d’exemple, en mars 2020, deux équipes de chercheurs en maladies infectieuses en Italie ont utilisé le Groupe de recherche Ion AmpliSeq SARS-COV-2 analyser plus en détail le génome du SRAS-CoV-2 à partir d’échantillons acquis localement. Les équipes ont séquencé plusieurs échantillons et généré des données précoces suggérant que le génome du virus est stable. Les résultats augmentent la probabilité que les futurs vaccins contre les coronavirus puissent avoir un taux d’efficacité plus élevé et pourraient aider les efforts de la communauté scientifique mondiale pour mieux comprendre l’épidémiologie et la propagation du COVID-19.

Luca Quagliata, PhD, BCMAS, directeur mondial des affaires médicales pour Thermo Fisher Scientific, s’est entretenu avec Anna MacDonald, rédactrice scientifique pour les réseaux technologiques.