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EAUGMENTATIONS XPONENTIELLES sont une caractéristique des pandémies. La propagation de SRAS–CoV-2 partout dans le monde a inexorablement suivi une telle courbe. Mais il en va de même pour l’effort de recherche visant à comprendre et à contrôler le virus. Plus de 7 000 articles sur la pandémie – couvrant tout, de la virologie à l’épidémiologie – ont été publiés au cours des trois derniers mois (voir graphique). Un cinquième d’entre eux est sorti la semaine dernière seulement.

C’est incroyablement rapide. Les chercheurs mettent généralement des années à concevoir des expériences, à collecter des données et à vérifier les résultats. Les revues scientifiques, les gardiens auto-désignés de la porte entre ces chercheurs et le reste du monde, peuvent facilement prendre six mois, souvent un an, pour parcourir les différentes étapes de leur procédure, y compris l’édition et le processus de vérification par anonyme des experts externes, connus sous le nom d’examen par les pairs.

L’urgence de santé publique actuelle a cependant suralimenté tout cela. Les médecins, les décideurs et les premiers ministres ayant tous besoin des dernières connaissances scientifiques pour prendre des décisions immédiates de vie ou de mort, la vitesse est devenue primordiale. Les journaux ont réagi à la forte augmentation des soumissions en faisant des heures supplémentaires. Ce faisant, ils ont réduit leurs processus normaux à des jours ou des semaines.

Se déplacer

De l’avis de beaucoup, cependant, cela ne suffit pas. Ces personnes soutiennent une manière différente de diffuser l’information scientifique – une qui détrône les revues en faisant de la publication de la revue un supplément facultatif plutôt que l’objectif principal d’un chercheur. Ce modèle de publication scientifique repose sur des référentiels en ligne appelés serveurs de préimpression, sur lesquels les articles peuvent être publiés rapidement et avec seulement des formalités minimales. Les mathématiciens et les physiciens les utilisent déjà largement. Les biologistes le font de plus en plus. Covid-19, cependant, a vu un changement radical. Environ la moitié des travaux scientifiques disponibles sur la pandémie ont été publiés via des serveurs de préimpression. L’espoir des partisans de la préimpression est que cela rendra le passage à leur utilisation irréversible.

La vitesse est bonne lors d’une urgence de santé publique. Le génome de SRAS–CoV-2 a été publié par des scientifiques chinois sur un référentiel public de données génomiques, une bête semblable à un serveur de préimpression, quelques jours seulement après l’isolement du virus. Cela a permis la création rapide de tests pour détecter les infections chez les personnes présentant des symptômes suspects. Et la gravité avec laquelle de nombreuses régions du monde ont traité le nouveau virus a été facilitée par les premiers rapports qui suggéraient que les taux de mortalité des cas examinés étaient beaucoup plus élevés que ceux observés pour la grippe.

Cette vitesse accrue montre que les scientifiques ont appris de leurs réponses lentes aux épidémies précédentes. Dans une analyse des recherches menées pendant et après l’épidémie d’Ebola de 2014-16 et l’épidémie de Zika de 2015-16, Marc Lipsitch, épidémiologiste à Harvard, qui travaille actuellement sur covid-19, a examiné à quel point ces réponses étaient lentes. Il a constaté que, lorsque des prépublications étaient disponibles, elles paraissaient environ 100 jours avant la publication d’articles de revue qui avaient finalement été publiés sur le même ouvrage. Malheureusement, moins de 5% de tous les articles de journaux publiés sur les deux épidémies avaient été préimprimés.

Le Dr Lipsitch a recommandé que les préimpressions fassent partie intégrante d’un «écosystème» d’information plus rapide lors des urgences futures. Et son souhait, semble-t-il, a été exaucé. Les deux plus grands serveurs de préimpression pertinents pour covid-19 sont bioRxiv, créé en 2013, et medRxiv, lancé en 2019, tous deux gérés par Cold Spring Harbor Laboratory dans l’État de New York. (Le «x» dans les noms représente la lettre grecque «chi», ce qui les rend prononçables comme «bioarchive» et «medarchive».)

BioRXiv est destiné aux sciences biologiques générales et aux sciences connexes. MedRxiv se concentre sur la santé et la médecine. Comme L’économiste est allé mettre sous presse les deux serveurs en vedette, entre eux, 2.853 articles sur SRAS–CoV-2 ou covid-19. Un autre 789 avait été publié sur arXiv – à 29 ans, le grand-père des serveurs de préimpression – qui appartient à l’Université Cornell et se spécialise en mathématiques et en sciences physiques.

N’importe qui peut soumettre un manuscrit à l’un de ces serveurs et le voir mis à la disposition du monde en quelques heures. Les soumissions sont soumises à une vérification rapide, pour éliminer les articles d’opinion et pour s’assurer qu’elles ont les parties attendues d’un article scientifique – un résumé et des sections décrivant les méthodes et les résultats. Si le sujet est controversé, les vérificateurs peuvent signaler des affirmations bizarres. Mais au-delà de cela, ils n’essaient pas de revoir le contenu scientifique de l’article. Une fois qu’une préimpression est en ligne, toute personne ayant accès à Internet peut la lire et, si elle le souhaite, laisser des commentaires détaillés.

Rapide et lâche?

Ce processus – essentiellement une version gratuite pour tous de l’examen par les pairs – peut être brutal. Mais ça marche souvent. Théories du complot sur SRAS–CoV-2 étant une création artificielle, les laboratoires ont été alimentés par une préimpression publiée sur bioRXiv en janvier, par des scientifiques indiens. Cela a affirmé des similitudes «étranges» entre les séquences génétiques de SRAS–CoV-2 et VIH, la cause de sida. L’étude a été déchirée dès qu’elle est apparue, cependant, par d’autres chercheurs qui ont pesé et souligné de graves lacunes méthodologiques. En conséquence, le manuscrit a maintenant été retiré.

Cet incident met cependant en évidence une critique répétée de la publication préimprimée, à savoir que le matériel douteux peut être mal utilisé, accidentellement ou délibérément, par des patients trop zélés, des politiciens, des journalistes ou tout simplement des fauteurs de troubles. C’est certainement un risque. Mais de l’avis de beaucoup, ce risque ne l’emporte pas sur l’avantage de la libre et rapide circulation des informations entre les chercheurs que les pré-impressions fournissent.

Pour ceux qui remettent en question la qualité de la science contenue dans les préimpressions, une récente étude réalisée par des chercheurs brésiliens (elle-même publiée sous forme de préimpression) rassure, dans laquelle les auteurs ont utilisé un questionnaire pour évaluer la qualité des préimpressions sur bioRxiv, ainsi que le versions ultérieures revues par des pairs de ces articles. Ils ont constaté que les journaux étaient en effet de meilleure qualité. Mais la différence n’était, en moyenne, que de 5%.

Dans tous les cas, l’examen par les pairs organisé par des revues n’est pas parfait. Il ne ramassera pas toutes les erreurs ni ne supprimera toutes les mauvaises recherches. La concentration distrayante sur l’hydroxychloroquine en tant que traitement potentiel de la covid-19 a, par exemple, été en partie stimulée par un article évalué par des pairs dans le Journal international des agents antimicrobiens publié le 20 mars par des scientifiques français. Ce document a maintenant des points d’interrogation sur sa rigueur et sa fiabilité.

De plus, même lorsqu’un article évalué par des pairs est retiré, les dommages peuvent déjà avoir été causés. Le 9 mars, le Sud de la Chine Morning Post, un journal de langue anglaise à Hong Kong, a publié un article sur les recherches rapportées dans Médecine préventive pratique, une revue à comité de lecture, dont le titre était «le coronavirus peut parcourir deux fois la distance de sécurité officielle». Cet article a été partagé plus de 53 000 fois sur les réseaux sociaux. Malheureusement, l’étude en question a été retirée le lendemain de la publication de l’article de journal. le Publier signalé immédiatement la rétractation, mais ce rapport a été partagé moins de 1 000 fois.

La pandémie actuelle met en évidence d’autres limites à la façon dont l’examen par les pairs est généralement organisé. Il fonctionne bien lorsqu’il est confiné dans un groupe restreint de spécialistes, mais rencontre des problèmes lorsque différents domaines se côtoient. Comme l’observe Ivan Oransky, fondateur de Retraction Watch, qui répertorie les mauvaises pratiques dans la recherche scientifique, «si vous deviez faire une étude sur l’impact de la distanciation sociale, par exemple, et que vous demandiez uniquement aux chercheurs en santé publique de l’examiner, il n’y a une chance raisonnable que vous excluiez presque ou du moins ne mettiez certainement pas l’accent sur la perturbation économique. Alors que si vous demandiez aux économistes de l’examiner, vous mettriez presque certainement l’accent sur les risques pour la santé. »

Les revues traditionnelles peuvent avoir du mal à analyser le large éventail de compromis sous différents angles dans une situation comme celle-ci. Les préimpressions, explique le Dr Oransky, permettent à des experts de différents horizons de contribuer, publiquement et en parallèle, à une critique de grande envergure d’une recherche.

Comme l’observe Stuart Taylor, directeur de publication de la Royal Society, la plus grande académie scientifique de Grande-Bretagne, des progrès vers une science plus ouverte, des prépublications et une diffusion plus rapide des résultats étaient en cours avant la pandémie de Covid-19. Mais ces événements accentueront ces changements et les rendront probablement permanents. La communication savante semble être à un point d’inflexion. Comme beaucoup d’autres choses jusqu’à récemment considérées comme acquises, il se peut que cela ne revienne jamais à ce qu’il était auparavant SRAS–CoV-2 est venu.■

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Cet article est paru dans la section Science et technologie de l’édition imprimée sous le titre « Reaping from the tourbillon »