La pandémie COVID-19 a perturbé la science en 2020 – et transformé la publication de la recherche, montre des données rassemblées et analysées par La nature.

Environ 4% de la production mondiale de la recherche était consacrée au coronavirus en 2020, selon une base de données. Mais 2020 a également vu une forte augmentation des articles sur tous les sujets soumis à des revues scientifiques – peut-être parce que de nombreux chercheurs ont dû rester chez eux et se concentrer sur la rédaction d’articles plutôt que sur la science.

Les soumissions aux seules revues de l’éditeur Elsevier ont augmenté d’environ 270000 – soit 58% – entre février et mai par rapport à la même période en 2019, selon une analyse.¹. L’augmentation était encore plus élevée pour les titres de santé et de médecine, à un énorme 92%.

La pandémie a également alimenté une forte augmentation du partage par le biais de prépublications (articles publiés en ligne avant l’examen par les pairs), a fait progresser la production d’auteurs masculins par rapport aux auteurs féminins et a affecté les délais d’examen – les accélérant dans certains sujets mais les ralentissant dans d’autres.

Torrent COVID

Les scientifiques ont publié bien plus de 100 000 articles sur la pandémie de coronavirus en 2020. Base de données de dimensions, ils pourraient même avoir dépassé les 200 000 début décembre (voir «Cascade du coronavirus»). (Les estimations varient en fonction des termes de recherche, de la couverture de la base de données et des définitions d’un article scientifique.) Plus de 4% des articles répertoriés dans la base de données Dimensions cette année sont liés au COVID, et environ 6% de ceux indexés dans PubMed, qui couvre principalement la vie sciences, étaient consacrées au sujet.

De la propagation de la maladie à la santé mentale

Dans un premier temps, les articles COVID-19 (et prépublications) se sont concentrés sur la propagation de la maladie, les résultats pour les personnes hospitalisées, et le diagnostic et les tests, selon une analyse des sujets d’articles indexés sur PubMed par Apprêt, une entreprise de San Francisco, en Californie, qui développe des technologies d’intelligence artificielle (IA). Mais ces types de documents ont pour la plupart plafonné après mai (voir «  Sujets des articles sur les coronavirus  »), et il y a eu un intérêt croissant pour la recherche sur la santé mentale, note Zein Tawil, chercheur dans l’entreprise.

Preprint rush

Plus de 30000 articles sur le COVID-19 publiés en 2020 étaient des pré-impressions – entre 17% et 30% du total des articles de recherche sur le COVID-19 (selon la base de données recherchée). Et, selon Dimensions, un dixième de toutes les pré-impressions cette année concernait le COVID-19.

Plus de la moitié des pré-impressions sont apparues sur l’un des trois sites – medRxiv, SSRN et Research Square (voir «Pré-impressions de coronavirus»).

Et plus des deux tiers de toutes les pré-impressions publiées sur medRxiv, qui n’a été lancé qu’en juin de l’année dernière, concernaient le COVID-19 (voir «Croissance de MedRxiv»). Début décembre, près d’un quart des prépublications liées au COVID de medRxiv avaient été publiées dans des revues, déclare John Inglis, co-fondateur de medRxiv et bioRxiv et directeur exécutif de Cold Spring Harbor Laboratory Press à New York.

«Cela a été une année charnière pour les pré-impressions», dit Inglis, d’autant plus que les cliniciens ont pris connaissance de medRxiv. «Nous prévoyons plus d’élan pour les pré-impressions à tous les niveaux en 2021 alors que l’enthousiasme pour le partage précoce s’accélère», dit-il.

Examen rapide

Les journaux se sont précipités pour obtenir des articles sur le COVID-19 par le biais d’un examen par les pairs. Les pré-impressions de MedRxiv COVID-19 sont apparues dans des revues à comité de lecture après un délai médian de révision de 72 jours, deux fois plus vite que les pré-impressions du serveur sur d’autres sujets, explique Inglis. Il attribue le mérite aux rédacteurs en chef et aux éditeurs de revues pour avoir poussé leurs systèmes d’examen par les pairs à fonctionner plus rapidement, et aux scientifiques pour avoir accepté de réviser beaucoup plus d’articles que d’habitude.

Une étude de 11 revues médicales au cours du premier semestre de l’année a révélé qu’elles publiaient des articles sur les coronavirus beaucoup plus rapidement que d’habitude, mais au détriment de la publication d’autres recherches plus lentement.² (voir «Revue plus rapide dans les revues médicales»).

«Le besoin de rapidité a exercé une pression considérable sur les systèmes classiques d’évaluation par les pairs qui seront difficiles à maintenir», dit Inglis. Il ajoute que les prépublications liées à la pandémie publiées au premier trimestre de 2020 sont parues dans des revues plus rapidement que celles publiées plus tard, ce qui pourrait être la preuve d’une tension dans le système. Il est possible, dit-il, que les événements de cette année ajoutent de l’élan à de nouvelles façons de mener un examen par les pairs après que les résultats aient été diffusés sous forme de prépublications.

Chute de Chine

Les contributions que les scientifiques ont apportées à l’effort de recherche semblaient tracer le chemin du virus à travers le monde, selon une analyse d’articles publiés³. Les articles sur le COVID-19 avec des auteurs en Chine ont atteint un sommet au début de l’année (voir «Articles sur le coronavirus par pays»). Et alors que le virus se déplaçait pour ravager l’Italie, le nombre d’articles de scientifiques a augmenté.

Recherches les plus citées

L’un des premiers articles sur le COVID-19 à paraître dans la littérature – une publication du 24 janvier dans The Lancet environ 41 personnes hospitalisées à Wuhan, Chine⁴ – est le plus cité. Et la pré-impression la plus citée⁵ – un rapport du 16 mars des modélisateurs de pandémie de l’Imperial College de Londres qui estimait comment le verrouillage et d’autres mesures de distanciation pouvaient éviter des millions de décès – a eu un effet significatif sur la politique britannique et a fait les manchettes du monde entier.

Cette prépublication est également l’article qui a attiré le plus de buzz sur les réseaux sociaux, selon Altmetric, une société basée à Londres qui surveille les indicateurs autres que les citations. (Le deuxième était un article de 2005 qui suggérait que la chloroquine, un médicament antipaludique, inhibait le coronavirus responsable du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) dans les échantillons de laboratoire.⁶, et un article affirmant que le coronavirus SARS-CoV-2 n’a pas émergé d’un laboratoire était troisième^sept.)

Charge inégale

La frénésie de l’édition pandémique a eu des gagnants et des perdants. Bien que les chercheurs aient soumis plus d’articles à des revues que l’année dernière, en moyenne, la croissance des soumissions d’auteurs féminines a été inférieure à celle des auteurs masculins dans tous les domaines, et les femmes âgées ont vu la plus grande pénalité pour les articles (voir «  Taux inférieurs  »), selon le analyse de centaines de milliers d’articles envoyés aux revues Elsevier entre février et mai¹.

Cela est probablement dû au fait que les femmes ont assumé le fardeau de la garde des enfants et de l’enseignement à domicile pendant les confinements, explique Flaminio Squazzoni, chercheur en sciences sociales à l’Université de Milan, en Italie, qui a co-écrit l’analyse de pré-impression. Le même effet n’a pas été observé dans l’évaluation par les pairs, où les hommes et les femmes ont reçu et accepté des invitations à évaluer des articles à peu près au même rythme.

«La pandémie a offert des opportunités incroyables aux chercheurs, mais elle a également été un choc pour le système universitaire, avec une explosion de publications et de citations pour les articles COVID-19. Cela déforme les récompenses de la science. Nous devons nous assurer que ces éléments sont pris en compte lors de la promotion et de l’embauche dans les années à venir », déclare Squazzoni.

Rétractations COVID

Il y a également eu des scandales de publication de recherche. Certains articles très médiatisés sur le COVID-19 ont été retirés, y compris des études reposant sur les dossiers de santé électroniques de Surgisphere à Chicago, dans l’Illinois – qui ont été mis en doute après que la société a déclaré qu’elle ne laisserait personne d’autre voir les données de santé à des fins d’audit. Au total, 15 prépublications et 24 articles de revue sur le COVID-19 avaient été retirés ou rétractés en décembre, selon le site Retraction Watch. (Cinq autres articles ont été «  temporairement retirés  »; cinq autres ont exprimé des inquiétudes.) Compte tenu du volume de la recherche sur les coronavirus, cette proportion est à peu près la même que pour la recherche en général.

Il est trop tôt pour dire si les articles COVID-19 sont plus susceptibles que d’autres d’être rétractés, déclare Ivan Oransky, journaliste à New York qui a cofondé Retraction Watch. En règle générale, il faut trois ans aux éditeurs pour retirer un article, mais pendant la pandémie, cela n’a pris que des mois – en partie parce que ces articles sont soumis à un examen minutieux. «Les rétractations sont peut-être plus qu’un indicateur de l’attention», dit Oransky.