Il y a dix mille ans, Hyrule était une civilisation technologiquement avancée, mais une créature connue sous le nom de Calamity Ganon l’a déchirée en lambeaux. Cent ans avant Souffle de la nature commence, on découvre que Calamity Ganon se réveille une fois de plus.

Tandis que Zelda s’entraîne à apprendre la magie du scellement nécessaire pour tenir Calamity Ganon à distance, quatre anciennes machines connues sous le nom de Divine Beasts sont découvertes et réactivées, avec des champions chargés de les contrôler. Link est choisi comme chevalier de Zelda car il peut manier l’épée maîtresse.

Cependant, tout va mal et, le jour de l’anniversaire de Zelda, Calamity Ganon se réveille. Il possède les bêtes divines et les retourne contre Hyrule, tuant les quatre champions. Link a été grièvement blessé dans une tentative de protéger Zelda, forçant Zelda à cacher Link pendant cent ans afin qu’il puisse guérir. Elle s’est scellée avec Ganon à l’intérieur du château d’Hyrule, attendant le retour de Link.

Link se réveille avec ses souvenirs perdus, mais il ne perd pas de temps pour libérer les bêtes divines et leur assigner de nouveaux champions en cours de route. Il réussit et récupère ses souvenirs en cours de route. Finalement, il se rend au château d’Hyrule et affronte Calamity Ganon dans un combat final. Avec l’aide de Zelda et des bêtes divines, Link bat le monstre et Zelda réussit à le sceller.