L’Institut Allen d’immunologie a dévoilé mercredi une nouvelle plateforme interactive pour présenter le système immunitaire humain, le Explorateur du système immunitaire humain.

Construit en partenariat avec Google, l’explorateur est un lieu central où les chercheurs et le public peuvent trouver des outils d’analyse, des ressources et des données. La plate-forme s’ajoute à la boîte à outils croissante de ressources similaires à travers l’Institut Allen, telles que le Explorateur de cellules Allen et l’ Carte du cerveau Allen.

C’est également la première fois que l’Institut Allen tire parti des offres cloud de Google telles que Vertex AI pour créer une telle plate-forme. L’équipe de Google rencontre chaque semaine des chercheurs de l’institut. « Ils viennent d’être profondément engagés à travailler avec les gens de l’Institut Allen », a déclaré Paul Meijer, directeur du développement de logiciels, de la base de données et des pipelines à l’institut d’immunologie.

Au fur et à mesure que la plate-forme mûrira, Meijer prévoit qu’elle sera largement utilisée par les chercheurs en immunologie du monde entier, qui ajouteront leurs données à la plate-forme. Il suivra différents types de cellules, molécules et autres aspects de l’immunité chez les personnes en bonne santé et chez les personnes atteintes de maladies telles que la COVID-19 et le cancer. Voici quelques-unes des fonctionnalités actuelles de la plate-forme:

• Protocoles décrivant comment recueillir des données moléculaires et cliniques au fil du temps chez la même personne.
• Une application de visualisation de données appelée TEA-seq qui capture trois types de données simultanément à partir de cellules immunitaires individuelles: les protéines à la surface de la cellule, les ARN à l’intérieur de la cellule et les informations « épigénétiques » suggérant quels gènes sont actifs.
• Une visualisation interactive des données outil montrant comment les retards dans le traitement des échantillons affectent les cellules immunitaires.
• Un façon de visualiser plusieurs types de données de patients provenant de différents moments, appelées PALMO (plate-forme d’analyse de données longitudinales multi-omiques).

La plate-forme vise en fin de compte à simplifier le catalogage, la visualisation et l’analyse des quantités massives de données collectées dans les études humaines du système immunitaire. L’institut vise à promouvoir la science ouverte, collaborative et multidisciplinaire.

Les chercheurs de l’Institut Allen, par exemple, participent à une étude examinant le système immunitaire chez les patients atteints de covid de longue durée. Les scientifiques cataloguent les protéines présentes à la surface des cellules immunitaires des patients au cours de la première infection et pendant des semaines par la suite. Ils ont récemment trouvé des ensembles de protéines associées à une longue COVID suggérant que certaines personnes touchées ont des niveaux élevés d’inflammation. Ces données ont récemment été publiées dans un étude de préimpression et sera bientôt intégré à la nouvelle plateforme.

L’institut s’engage également à accroître la diversité des sujets humains représentés sur la plateforme. En fin de compte, les utilisateurs peuvent être en mesure de filtrer les ensembles de données en fonction des conditions préexistantes, des conditions sociales ou d’autres facteurs des personnes.

Une équipe multidisciplinaire de scientifiques de laboratoire et de 10 développeurs de logiciels a construit la nouvelle plate-forme sur environ trois ans, a déclaré Meijer. « La science de l’équipe et l’effort de développement de l’équipe ont été le véritable pouvoir que nous avons à l’Institut Allen pour l’immunologie », a-t-il déclaré.